1967年9月，鄧小平全家從中南海被掃地出門,。到了1968年春天，聶元梓受命以一張大字報,，開始批斗“鄧樸方反黨集團”,，把鄧樸方和當時也在北大技術物理系念書的妹妹鄧楠秘密關在北大物理樓實驗室內(nèi)。在長達四個月的折磨中,，聶元梓等人要他們兄妹交待父母的“罪行”,。值得鄧小平和卓琳夫婦驕傲的是,，鄧樸方、鄧楠兄妹拒絕和紅衛(wèi)兵合作,。不管是遭到毒打、遭到開除黨籍,，鄧樸方都拒絕開口斗爭他的父母親,。于是,，他大禍臨頭了,。

1968年9月，聶元梓唆使一群紅衛(wèi)兵把鄧樸方關進一間被放射性物質(zhì)所污染的實驗室里,，并把門封死,。鄧樸方知道，如果在這間放射線已外泄的房間待太久,，自己必死無疑,。情急之下，想翻窗順四樓的水管逃走,，不幸,，他從8米高的地方摔落地面,，脊椎骨受重傷,。這一摔,，改變了他的一生。他起先是雙腿癱瘓,，后來因為紅衛(wèi)兵拒絕讓他到醫(yī)院去醫(yī)治,，一拖再拖，終于自腰以下半身不遂,。

在文化大革命那種殘無人道的歲月里,，人間還是有溫暖的。當鄧樸方跌傷后,，北大醫(yī)院當局拒絕收容他這個“全國第2號走資派”的兒子,，在灰心絕望之時，他碰到救星,。一名叫王鳳梧的工人以無產(chǎn)階級宣傳隊員的資格被派到北大，由于他是工人，紅衛(wèi)兵對他敬畏三分。他見鄧樸方的慘狀，便用一輛平板三輪車拉著已不能動彈的鄧樸方到處求醫(yī),，屢遭拒絕。最后,，積水潭醫(yī)院的醫(yī)生終于答應替他會診,。

結果是：第1腰椎、第12胸椎骨折,，雙下肢截癱，高燒攝氏40度,。據(jù)鄧樸方的妹妹鄧榕1984年在那篇極感性的回憶“文革”的文章《在江西的日子里》中敘述：“憑著一股正義感，王師傅對我哥哥十分同情,，認為應給予起碼的革命人道主義的治療,。哥哥到江西后,，王師傅便不斷向上寫信、申訴,，從北大,、到市委,，四處奔走，呼吁給我哥哥治病,?！编囬耪f,，到現(xiàn)在,，他們還經(jīng)常和這位王鳳梧師傅聯(lián)絡,。但是，對鄧樸方有救命之恩的王鳳梧一家人從未向鄧家提出任何要求,。

受傷后,，鄧樸方最痛苦的日子可能要數(shù)他被送進北京郊區(qū)清河救濟院的那半年的歲月,。由于他的病當時醫(yī)生已束手無措,，便把他送去清河救濟院,。有一篇寫鄧樸方的文章這樣描述他第一天到達清河救濟院的情形：“開午飯啦,，80多歲的老護理員,、孤寡老人朱大爺拖著兩條長長的鼻涕,，給鄧樸方盛了半碗熬白菜,，又遞給他一個黑不溜秋的饅頭,?！敝劣谇搴泳葷旱那樾?，據(jù)當時到那兒去探視他的王鳳梧說：“當我推開門進去,，一股難以忍受的大小便氣味熏得我直流眼淚。臟兮兮的床上用品已經(jīng)用了好幾個月,?！比欢?，就在這么惡劣的環(huán)境中，鄧樸方和他“第4病室”里的“哥兒們”一起勞動,，用鐵絲編字紙簍賺錢，一天編12小時,，每編一個賺4分錢人民幣，每個月賺四五塊錢,。