1967年9月，鄧小平全家從中南海被掃地出門,。到了1968年春天,，聶元梓受命以一張大字報(bào)，開始批斗“鄧樸方反黨集團(tuán)”,，把鄧樸方和當(dāng)時(shí)也在北大技術(shù)物理系念書的妹妹鄧楠秘密關(guān)在北大物理樓實(shí)驗(yàn)室內(nèi),。在長達(dá)四個(gè)月的折磨中，聶元梓等人要他們兄妹交待父母的“罪行”,。值得鄧小平和卓琳夫婦驕傲的是,，鄧樸方、鄧楠兄妹拒絕和紅衛(wèi)兵合作,。不管是遭到毒打,、遭到開除黨籍，鄧樸方都拒絕開口斗爭他的父母親,。于是,，他大禍臨頭了。

1968年9月,，聶元梓唆使一群紅衛(wèi)兵把鄧樸方關(guān)進(jìn)一間被放射性物質(zhì)所污染的實(shí)驗(yàn)室里,，并把門封死。鄧樸方知道,，如果在這間放射線已外泄的房間待太久,，自己必死無疑。情急之下,，想翻窗順?biāo)臉堑乃芴幼?，不幸，他?米高的地方摔落地面，脊椎骨受重傷,。這一摔，改變了他的一生,。他起先是雙腿癱瘓,，后來因?yàn)榧t衛(wèi)兵拒絕讓他到醫(yī)院去醫(yī)治，一拖再拖,，終于自腰以下半身不遂,。

在文化大革命那種殘無人道的歲月里，人間還是有溫暖的,。當(dāng)鄧樸方跌傷后,，北大醫(yī)院當(dāng)局拒絕收容他這個(gè)“全國第2號(hào)走資派”的兒子，在灰心絕望之時(shí),，他碰到救星,。一名叫王鳳梧的工人以無產(chǎn)階級(jí)宣傳隊(duì)員的資格被派到北大，由于他是工人,，紅衛(wèi)兵對(duì)他敬畏三分,。他見鄧樸方的慘狀，便用一輛平板三輪車?yán)巡荒軇?dòng)彈的鄧樸方到處求醫(yī),，屢遭拒絕,。最后，積水潭醫(yī)院的醫(yī)生終于答應(yīng)替他會(huì)診,。

結(jié)果是：第1腰椎,、第12胸椎骨折，雙下肢截癱,，高燒攝氏40度,。據(jù)鄧樸方的妹妹鄧榕1984年在那篇極感性的回憶“文革”的文章《在江西的日子里》中敘述：“憑著一股正義感，王師傅對(duì)我哥哥十分同情,，認(rèn)為應(yīng)給予起碼的革命人道主義的治療,。哥哥到江西后，王師傅便不斷向上寫信,、申訴,，從北大、到市委,，四處奔走,，呼吁給我哥哥治病?！编囬耪f,，到現(xiàn)在，他們還經(jīng)常和這位王鳳梧師傅聯(lián)絡(luò)。但是,，對(duì)鄧樸方有救命之恩的王鳳梧一家人從未向鄧家提出任何要求,。

受傷后，鄧樸方最痛苦的日子可能要數(shù)他被送進(jìn)北京郊區(qū)清河救濟(jì)院的那半年的歲月,。由于他的病當(dāng)時(shí)醫(yī)生已束手無措,，便把他送去清河救濟(jì)院。有一篇寫鄧樸方的文章這樣描述他第一天到達(dá)清河救濟(jì)院的情形：“開午飯啦,，80多歲的老護(hù)理員,、孤寡老人朱大爺拖著兩條長長的鼻涕，給鄧樸方盛了半碗熬白菜,，又遞給他一個(gè)黑不溜秋的饅頭,。”至于清河救濟(jì)院的情形,，據(jù)當(dāng)時(shí)到那兒去探視他的王鳳梧說：“當(dāng)我推開門進(jìn)去,，一股難以忍受的大小便氣味熏得我直流眼淚。臟兮兮的床上用品已經(jīng)用了好幾個(gè)月,?！比欢驮谶@么惡劣的環(huán)境中,，鄧樸方和他“第4病室”里的“哥兒們”一起勞動(dòng),，用鐵絲編字紙簍賺錢，一天編12小時(shí),，每編一個(gè)賺4分錢人民幣,，每個(gè)月賺四五塊錢。