1951年5 月23日，西藏和平解放協(xié)議和中國人民解放軍進駐西藏若干規(guī)定在北京簽訂,。圖為毛澤東宴請西藏地方全權(quán)代表阿沛·阿旺晉美（左一）,、班禪額爾德尼· 卻吉堅贊（右三）作陪。

1952年2月,，中國人民解放軍西藏軍區(qū)成立時,，中央軍委任命阿沛·阿旺晉美為西藏軍區(qū)第一副司令員。他時刻關(guān)心駐藏部隊的生產(chǎn)和生活,，與部隊保持緊密聯(lián)系,，在鞏固國防、保衛(wèi)邊疆的工作中,，作出了應(yīng)有貢獻,。

與此同時，阿沛·阿旺晉美以維護和貫徹執(zhí)行《十七條協(xié)議》為己任,，自覺地通過各種方式在貴族官員和各階層人士中宣傳協(xié)議,，發(fā)展壯大愛國力量?？墒?，走向和平解放的道路并非一帆風順。1952年初反動組織偽“人民會議”公開進行非法活動,，公開反對《十七條協(xié)議》,，提出要解放軍撤出西藏。3月31日,，偽“人民會議”煽動1000多名“藏軍”和流氓,、無業(yè)游民，武裝包圍了中央代表駐地,，要求遞交“請愿書”,。在拉薩街頭，武裝分子游行示威,，呼喊反動口號,，鬧得人心惶惶，商店關(guān)門,。有些武裝分子公然開槍挑釁,，阿沛家的窗戶玻璃被打碎。面對危局,，阿沛立場堅定,，旗幟鮮明，反對騷亂,，維護安定,，全力支持,、配合中央代表和軍區(qū)領(lǐng)導，按照中央指示,，本著有理,、有利、有節(jié)的政治原則,，力爭用和平方式平息這一事件,。他態(tài)度積極，方式靈活,，發(fā)揮了既是西藏地方政府的噶倫又是西藏軍區(qū)第一副司令員的雙重身份的優(yōu)勢,，夜以繼日地做了大量工作：一方面勸說其他噶倫維護《十七條協(xié)議》，同偽“人民會議”劃清界限,；另一方面深入了解掌握偽“人民會議”的活動情況,，隨時向中央代表和軍區(qū)領(lǐng)導反映，采取應(yīng)對措施,，避免陷于被動,。經(jīng)過多方努力，5月1日,，偽“人民會議”被取締,，他們的非法活動以失敗而告終。

1954年,，阿沛同西藏的其他代表一起,，赴北京出席了第一屆全國人民代表大會第一次會議。這是西藏人民代表第一次行使管理國家事務(wù)的權(quán)利,。在這次會議上,，阿沛當選為國防委員會委員。

1954年11月4日,，西藏自治區(qū)籌備委員會籌備小組正式成立,，阿沛·阿旺晉美成為這個籌備小組的成員之一。經(jīng)過多次協(xié)商討論,，籌備小組于同年年底向國務(wù)院提交了成立西藏自治區(qū)籌備委員會具體方案的工作報告,。

1955年3月9日，周恩來總理主持召開國務(wù)院全體會議第七次會議,，專題研究成立西藏自治區(qū)籌備委員會及西藏有關(guān)事宜,，通過了《國務(wù)院關(guān)于成立西藏自治區(qū)籌備委員會的決定》。同年9月20日,，西藏自治區(qū)籌備委員會籌備處在拉薩成立,，阿沛·阿旺晉美被推選為處長。經(jīng)過籌備處全體人員近4個月緊張有序的工作，各方條件均已成熟,，中共西藏工委報請中央同意,，決定西藏自治區(qū)籌備委員會于1956年4月22日成立。

為慶祝西藏自治區(qū)籌委會的成立,，中央派出以中共中央委員,、國務(wù)院副總理陳毅為團長的規(guī)模龐大的代表團,，萬里迢迢,，跋山涉水，到西藏進行祝賀和慰問,，拉薩僧俗人民3萬多人熱烈歡迎中央代表團,。

自治區(qū)籌委會成立后，在用和平方式改革舊制度,、改造舊政權(quán),，并且推動西藏地方政府和西藏領(lǐng)導人自動地去進行這些改革和改造中，阿沛·阿旺晉美進行了勇敢的嘗試,。他在籌委會籌備處的工作中處理了大量人事工作,，安排舊政權(quán)的大批官員在籌委會和直屬機構(gòu)及下屬機構(gòu)中擔任各種職務(wù)，通過對舊官員的改造達到對舊政權(quán)的改造,。他還擔任學習委員會主任,，領(lǐng)導在籌委會系統(tǒng)工作的舊官員學習政治理論和時事政策，參加籌委會派出的各種工作組,，接近群眾,，體驗生活，轉(zhuǎn)變作風,。經(jīng)過兩年多的努力,，許多舊官員的思想和作風有了明顯變化，中央堅持和平改造的政策初見成效,，這使阿沛感到由衷的欣慰,。