郭汝瑰在解放后的歷次政治運動中,，曾經(jīng)與許多黨的干部一樣,，受到不同程度的沖擊。在肅反運動中,，因為一個教員胡亂編造假坦白交代的材料,，致使郭汝瑰也被關押審查,。郭汝瑰怎么也沒有想到自己放棄國民黨的高官厚祿，毅然投入革命陣營，反遭人誣陷為假起義的真特務,。但他不管如何逼供誘供,，始終不說假話。不久事情真相大白,。當時任軍事學院政委的鐘期光上將親自向他賠禮道謙,，并且贊揚說:“在軍事學院的肅反運動中，只有兩個半人沒有說假話,，其中你是表現(xiàn)最好的一個,。”

郭汝瑰對黨忠誠,，也就敢于直言,。肅反運動后，一些準備轉(zhuǎn)業(yè)的教員要求評軍銜,，慫恿郭汝瑰起草一份給國防部長彭德懷的信,。郭希望黨組織能接受肅反中輕信一些人作假坦白的教訓，在信中寫了幾句尖銳的話:“一些無恥之徒,，希圖過關,，假坦白，攀誣好人,。一時滿城風雨,，鬼影憧憧，逼得懸梁的懸梁,，投水的投水,。”這封信因一些同志嫌言詞過激,，決定將分發(fā)征求意見的打印稿全部收回,。但有個覬覦者卻心懷鬼胎，把一份打印稿收藏起來,。等到1957年反右派運動一來,，就作為炮彈拋出來，說郭汝瑰惡毒地攻擊肅反運動,。加上在南京市委召開的整風會上,，郭汝瑰說了:“劉邦入關，約法三章,；李世民尊賢納諫,，從善如流，所以才能將政權(quán)鞏固了幾百年,，我們要厲行民主法制,，才能長治久安,。”這些本來是正確的話,，竟被說成“郭汝瑰攻擊共產(chǎn)黨連古代帝王都不如”,。于是，一些原來是郭汝瑰部下的教員,，都紛紛站出來批判他,。軍事學院曾準備將他劃為右派，結(jié)果中央軍委批示:“情節(jié)經(jīng)微,，不作右派處理,?！惫旯逵痔舆^一劫,。以極左路線發(fā)展至極端的“文化大革命”中，當時軍事學院軍事史料研究處的一位領導,，為保護自己,，裝出一副極左的面目，四處張揚說“我們處成分復雜”,，動員一些學員在“點鬼臺”上點鬼,，把副處長郭汝瑰點成“牛鬼蛇神”、“反動學術(shù)權(quán)威”,，并讓史料處所屬六個級輪番批斗,。郭汝瑰見過人硬頂挨打，覺得自挨一頓打不值,，批斗時給他加上的罪名他都承認,，于是就斗不下去了。軍院的造反派闖入郭汝瑰住處抄家,，得知他的女兒郭相慰與他們同屬一派,，不但沒有抄家，還與她握手連稱同志,，弄得郭汝瑰啼笑皆非,。由于造反派忙于內(nèi)戰(zhàn)，再無暇顧及郭汝瑰,，在挨了一陣批斗之后,，就被安排到軍事學院所屬的農(nóng)場進行體力勞動，倒沒有遭受被關押,、毆打等痛苦,。

早在1945年，郭汝瑰就要求恢復自己的共產(chǎn)黨黨籍,。雖一時未能如愿,，但他從那時起就嚴格按照共產(chǎn)黨員的標準要求自己,。除了奮不顧身地完成黨交給的任務之外，在污濁的國民黨官場中,，也堅持廉潔自守,。1946年他到南京任職，在四條巷租了一套普通民房居住,。當時蔣經(jīng)國住在三條巷,，與他是近鄰。一天,，蔣經(jīng)國到郭家探望,，發(fā)現(xiàn)郭夫人自己在廚房做飯，端到飯桌上的只有兩樣素菜,，不禁喟然嘆息說:“要是我們的高級將領,，都像郭汝瑰這樣就好了?！庇行┤艘惨蚬旯迳钊绱藘€樸,，懷疑他是潛伏的共產(chǎn)黨人。

四川解放后,，郭汝瑰任川南交通廳長時,，以熱愛勞動、生活儉樸而被人稱道,。但是,，他多次提出恢復黨籍或重新入黨的要求，都被上推下卸,，長期擱置下來,。直到中共十一屆三中全會以后的1980年4月，郭汝瑰直接給中共中央組織部寫信,，申述自己的全部歷史,，反映多年的入黨要求，不久他所在的中國人民解放軍重慶警備區(qū)黨委接到了中組部的通知:“準許郭汝瑰入黨”,，郭汝瑰才實現(xiàn)了自己的政治宿愿,。1981年，成都軍區(qū)黨委又根據(jù)郭汝瑰的優(yōu)異表現(xiàn),，將他評為全軍區(qū)的優(yōu)秀共產(chǎn)黨員,。