事由：爭當(dāng)國民黨黨主席
馬英九黨主席競選廣告“黨主席的腦,，要懂得傾聽和反??；黨主席的膽,，要勇于面對改革黑金的挑戰(zhàn),；黨主席的心,，要堅守黨的靈魂與意志?！蓖踅鹌窖杆賹μ柸胱?，認(rèn)為這則廣告是在影射他本人，有人身攻擊之嫌,。臺灣的黑金政治文化由來已久,，對于在地方選舉中浸淫多年的王金平來說，無論如何撇清也很難保證自身的清白,。
馬英九在高雄（王金平家鄉(xiāng)）拜訪地方政要,，但卻沒有得到什么好臉色，“立委”林益世的父親,、地方大佬林仙保當(dāng)著馬英九的面就說自己支持的是王金平,。在馬英九的“票倉”桃園，王金平的到來也遭到了冷遇,?！巴︸R”的縣長朱立倫干脆避而不見。
前臺北市“議長”陳健治挺王金平,，當(dāng)時的國民黨立法院黨團(tuán)書記長,、彰化縣籍“立委”陳杰出任馬英九競選總部副總干事。雙方在對方陣營互挖要角,。
馬英九成功當(dāng)選國民黨黨主席,，王金平明確拒絕擔(dān)任國民黨副主席，拒絕“馬王配”,。
連戰(zhàn)致電王金平,、馬英九，除祝賀馬英九當(dāng)選外,，也對馬英九表示,，目前必須療傷止痛、攜手團(tuán)結(jié),。連戰(zhàn)讓馬英九多向王金平學(xué)習(xí),，而馬英九當(dāng)時的態(tài)度也是很謙卑的。
事由：爭選“總統(tǒng)”
王金平在3月表態(tài)自己要參選“總統(tǒng)”,，自己比起馬英九,，不論是經(jīng)營地方還是從政資歷都比較長，要優(yōu)于馬英九,。
馬英九曾與王金平密談一個多小時,，過程中馬英九四度開口，邀請王金平搭檔,，但王金平前三次轉(zhuǎn)移話題,，直到最后一次才明確拒絕,。
馬英九深陷特別費(fèi)案，國民黨想通過排黑條款為馬英九解套,，而王金平呼吁新的黨主席不要為馬英九修排黑條款,，讓社會觀感變糟。
王金平在黨內(nèi)初選時未領(lǐng)表,，最終馬英九還是代表國民黨出征“2008總統(tǒng)大選”,。
馬王關(guān)系在2008年有所緩和，王金平多次在公開場合表態(tài)挺馬,。
關(guān)于地制法,、ECFA的爭執(zhí)
馬英九下達(dá)指令國民黨團(tuán)提案于十八日召開臨時會處理地方制度法草案，但此事沒有當(dāng)面告知王金平,，王金平表示非常憤怒,。王金平曾經(jīng)不悅地表示：“加開臨會有其莊嚴(yán)性，不能常態(tài)化,，應(yīng)是遇到重大事項再召開,。馬英九改革四案，連談都沒有談,，朝野黨團(tuán)平時要做的功課都沒做?！薄暗綍r還不是要由我‘院長’一個人,，趕快把這個案，趕快敲定,、趕快協(xié)商,。”
馬英九打電話向王金平道歉,，地制法最終成功通過,。
馬英九打電話向王金平道歉，地制法最終成功通過,。在法案通過之后,，馬英九還親自打電話給王金平，感謝他的辛苦,。
王金平認(rèn)為應(yīng)當(dāng)恢復(fù)“立法院”兩岸小組運(yùn)作,，這與民進(jìn)黨黨團(tuán)的主張相同，但馬英九反對設(shè)立兩岸小組,。
王金平最后仍采逐條審查,、包裹表決的折沖方式，讓ECFA過關(guān),。
關(guān)于油電雙漲,、證所稅,、美牛案的爭執(zhí)
臺灣經(jīng)濟(jì)部門按照一次漲足方案，但遭到島內(nèi)反彈后,，行政部門考慮進(jìn)行兩段調(diào)整,。王金平在五人小組中向馬英九表達(dá)不同意見，認(rèn)為應(yīng)從整體利益考慮,，雖然電價成本高必須調(diào)漲,，但油電雙漲效應(yīng)已造成物價蠢動，電價調(diào)漲時機(jī)應(yīng)重新考慮,。
電價是依照了王金平的建議，改采3階段調(diào)漲,，第2階段延緩1年,，到2013年10月才實施。
馬辦,、行政院都希望立法院能盡速完成證所稅審查,，但王金平表達(dá)不同的意見，多次表示“沒那么簡單”,，國民黨黨團(tuán)甚至在立法院擋下了證所稅修法,，被認(rèn)為是“王金平效應(yīng)”所致。
證所稅最終通過,，但做出了相應(yīng)的調(diào)整,。
王金平曾公開坦言自己無法保“美牛提案”過關(guān),，并在綠營長期占據(jù)立法院主席臺杯葛的情況下,，堅持不使用警察權(quán)。綠營突然提出禁美牛案,，一輪闖關(guān)成功,，二輪雙方同票。
最后階段,，王金平關(guān)鍵一個反對票封殺綠營提案,。馬英九致電感謝王金平。
關(guān)于核四,、服貿(mào)協(xié)議,、警察權(quán)的爭執(zhí)
馬英九一直努力推行核四，在立法院遭到綠營杯葛,，王金平表示：“是相當(dāng)復(fù)雜的問題,，不是一句話就說可能有什么結(jié)果”“要慢慢邊走邊討論，邊發(fā)覺問題邊解決問題”。
核四問題至今未能得到解決,，“公投”之前核四暫停施工,。
馬英九把服貿(mào)協(xié)議作為自己在兩岸關(guān)系上的一個政績，但是服貿(mào)協(xié)議在立法院卻遭到了非常大的阻力,，王金平呼吁暫緩處理服貿(mào)協(xié)議,。王金平在8月發(fā)表了一個演講，表示“立法與行政互動備受關(guān)注,，但行政專擅要不得”,。
服貿(mào)協(xié)議須逐條審查、逐項表決,。
“朝野”對峙,，立法院空轉(zhuǎn)，國民黨立委不滿議事一事無成,，有人提案修“法”,，賦予“立法院長”動用警察權(quán)的法源基礎(chǔ)。王金平表示立法院自主不容外力介入,，他不會動用警察權(quán),。
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