事由：爭當國民黨黨主席
馬英九黨主席競選廣告“黨主席的腦，要懂得傾聽和反??；黨主席的膽，要勇于面對改革黑金的挑戰(zhàn),；黨主席的心,，要堅守黨的靈魂與意志,。”王金平迅速對號入座,，認為這則廣告是在影射他本人,，有人身攻擊之嫌。臺灣的黑金政治文化由來已久,，對于在地方選舉中浸淫多年的王金平來說,，無論如何撇清也很難保證自身的清白,。
馬英九在高雄（王金平家鄉(xiāng)）拜訪地方政要,，但卻沒有得到什么好臉色，“立委”林益世的父親,、地方大佬林仙保當著馬英九的面就說自己支持的是王金平,。在馬英九的“票倉”桃園，王金平的到來也遭到了冷遇,?！巴︸R”的縣長朱立倫干脆避而不見。
前臺北市“議長”陳健治挺王金平,，當時的國民黨立法院黨團書記長,、彰化縣籍“立委”陳杰出任馬英九競選總部副總干事。雙方在對方陣營互挖要角,。
馬英九成功當選國民黨黨主席,，王金平明確拒絕擔任國民黨副主席，拒絕“馬王配”,。
連戰(zhàn)致電王金平,、馬英九，除祝賀馬英九當選外,，也對馬英九表示,，目前必須療傷止痛,、攜手團結(jié)。連戰(zhàn)讓馬英九多向王金平學習,，而馬英九當時的態(tài)度也是很謙卑的。
事由：爭選“總統(tǒng)”
王金平在3月表態(tài)自己要參選“總統(tǒng)”,，自己比起馬英九,，不論是經(jīng)營地方還是從政資歷都比較長,，要優(yōu)于馬英九,。
馬英九曾與王金平密談一個多小時,，過程中馬英九四度開口,，邀請王金平搭檔,，但王金平前三次轉(zhuǎn)移話題,，直到最后一次才明確拒絕。
馬英九深陷特別費案,，國民黨想通過排黑條款為馬英九解套，而王金平呼吁新的黨主席不要為馬英九修排黑條款,，讓社會觀感變糟。
王金平在黨內(nèi)初選時未領(lǐng)表,，最終馬英九還是代表國民黨出征“2008總統(tǒng)大選”,。
馬王關(guān)系在2008年有所緩和,，王金平多次在公開場合表態(tài)挺馬。
關(guān)于地制法,、ECFA的爭執(zhí)
馬英九下達指令國民黨團提案于十八日召開臨時會處理地方制度法草案,，但此事沒有當面告知王金平，王金平表示非常憤怒,。王金平曾經(jīng)不悅地表示：“加開臨會有其莊嚴性,，不能常態(tài)化,，應是遇到重大事項再召開。馬英九改革四案,，連談都沒有談，朝野黨團平時要做的功課都沒做,。”“到時還不是要由我‘院長’一個人,，趕快把這個案，趕快敲定,、趕快協(xié)商,。”
馬英九打電話向王金平道歉,，地制法最終成功通過,。
馬英九打電話向王金平道歉,，地制法最終成功通過。在法案通過之后,，馬英九還親自打電話給王金平,，感謝他的辛苦。
王金平認為應當恢復“立法院”兩岸小組運作,，這與民進黨黨團的主張相同，但馬英九反對設立兩岸小組,。
王金平最后仍采逐條審查,、包裹表決的折沖方式，讓ECFA過關(guān),。
關(guān)于油電雙漲,、證所稅,、美牛案的爭執(zhí)
臺灣經(jīng)濟部門按照一次漲足方案，但遭到島內(nèi)反彈后,，行政部門考慮進行兩段調(diào)整,。王金平在五人小組中向馬英九表達不同意見，認為應從整體利益考慮,，雖然電價成本高必須調(diào)漲,，但油電雙漲效應已造成物價蠢動，電價調(diào)漲時機應重新考慮,。
電價是依照了王金平的建議,，改采3階段調(diào)漲，第2階段延緩1年,，到2013年10月才實施,。
馬辦、行政院都希望立法院能盡速完成證所稅審查,，但王金平表達不同的意見,，多次表示“沒那么簡單”，國民黨黨團甚至在立法院擋下了證所稅修法,，被認為是“王金平效應”所致,。
證所稅最終通過，但做出了相應的調(diào)整,。
王金平曾公開坦言自己無法?！懊琅Ｌ岚浮边^關(guān),，并在綠營長期占據(jù)立法院主席臺杯葛的情況下，堅持不使用警察權(quán),。綠營突然提出禁美牛案,，一輪闖關(guān)成功,，二輪雙方同票。
最后階段,，王金平關(guān)鍵一個反對票封殺綠營提案,。馬英九致電感謝王金平,。
關(guān)于核四,、服貿(mào)協(xié)議、警察權(quán)的爭執(zhí)
馬英九一直努力推行核四,，在立法院遭到綠營杯葛,，王金平表示：“是相當復雜的問題,，不是一句話就說可能有什么結(jié)果”“要慢慢邊走邊討論,，邊發(fā)覺問題邊解決問題”。
核四問題至今未能得到解決，“公投”之前核四暫停施工,。
馬英九把服貿(mào)協(xié)議作為自己在兩岸關(guān)系上的一個政績,，但是服貿(mào)協(xié)議在立法院卻遭到了非常大的阻力,，王金平呼吁暫緩處理服貿(mào)協(xié)議,。王金平在8月發(fā)表了一個演講，表示“立法與行政互動備受關(guān)注,，但行政專擅要不得”。
服貿(mào)協(xié)議須逐條審查,、逐項表決,。
“朝野”對峙,，立法院空轉(zhuǎn)，國民黨立委不滿議事一事無成,，有人提案修“法”，賦予“立法院長”動用警察權(quán)的法源基礎,。王金平表示立法院自主不容外力介入，他不會動用警察權(quán),。
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