由于南開大學(xué)“八一八”群眾組織在康生等人主抓的所謂“六十一人叛徒集團(tuán)”案中首立“戰(zhàn)功”,，于是該大學(xué)的另一個(gè)名叫“衛(wèi)東”的群眾組織也奮起直追。1967年5月的一天,，該群眾組織在抄家時(shí)發(fā)現(xiàn)一張包括李宗林在內(nèi)的解放前從新疆國民黨監(jiān)獄獲釋回來的130名中共人員及其家屬子女的合影照片,，繼之順藤摸瓜，通過調(diào)查檔案又發(fā)現(xiàn)一份當(dāng)年在新疆被國民黨逮捕入獄的中共人員名單,，以及國家第三機(jī)械工業(yè)部和民航總局等單位向他們介紹的有關(guān)陳潭秋,、毛澤民等被捕、犧牲的零碎情況后,，便做出這樣一個(gè)“推理”:李宗林與陳潭秋,、毛澤民、林基路一起被捕,，惟陳,、毛、林被害,，而李宗林,、馬明方和張子意等卻被釋放，那么李,、馬,、張等就極有可能在獄中變節(jié)，出賣了陳,、毛、林,，而與李合影的那100多名中共黨員也就很可能都有叛變問題,。于是決定繼續(xù)調(diào)查，深入“挖掘”,，并得到時(shí)任中國人民解放軍空軍司令員的吳法憲的支持,，同時(shí)對(duì)此頗感“興趣”的林彪之妻葉群,，也派其弟葉鎮(zhèn)插手此案。

11月初,，隨著由吳法憲,、李作鵬和葉群等領(lǐng)導(dǎo)的中央專案組第二辦公室主管的中央“四三”專案組（意為新疆監(jiān)獄問題的要害是1943年的問題）的成立，所謂“新疆馬明方叛徒集團(tuán)”被正式立案,，對(duì)外代號(hào)“五二六”,。經(jīng)過康生審定，在當(dāng)年被無條件釋放返回延安的人員中,，現(xiàn)已在黨,、政、軍系統(tǒng)擔(dān)任高級(jí)領(lǐng)導(dǎo)職務(wù)并有代表性的馬明方,、張子意,、方志純、高登榜等20人被列為該專案組直接審查的對(duì)象,，其余均由所在單位“立案審查”,。

對(duì)于“新疆馬明方叛徒集團(tuán)案”，雖然聯(lián)合調(diào)查組曾兩赴新疆,，但由于得到的是“死材料”多,，“活材料”少，而且無法證實(shí)他們所要“證明”的問題,，因而當(dāng)“四三”專案組剛成立不久,，中央二辦主管該案的吳法憲就指示專案組:“材料不少了，現(xiàn)在要突擊審訊,，要他們的口供,。有口供就可以定案……其他組都有戰(zhàn)果，就是我這個(gè)司令管的這個(gè)組報(bào)不出戰(zhàn)果,?！睘榇耍?zé)令專案組“把人分成三班倒,，日夜審訊”,，“案犯不老實(shí)就銬起來”，“對(duì)他們不存在什么車輪戰(zhàn),、逼供信”,。從此，該專案組對(duì)所列“案犯”大搞刑訊逼供,，使用了車輪戰(zhàn),、“坐飛機(jī)”等酷刑，逼取其所需要的“口供”。與此同時(shí),，專案組還對(duì)當(dāng)年的敵特人員如原國民黨中統(tǒng)局特務(wù)鄭大倫和真正的大叛徒徐夢(mèng)秋等進(jìn)行了反復(fù)審訊,，通過逼供、誘供,、指供,，制造偽證。盡管如此,，專案組所掌握的材料仍不能證明這些同志有叛變行為,，相反倒能說明他們是獄中斗爭(zhēng)的真正英雄。但是,，林彪,、康生和江青等出于不可告人的目的，即為了打倒一大批老干部,，他們置那些言之鑿鑿的證據(jù)材料于不顧,，而企圖以鄭大倫、徐夢(mèng)秋提供的假供為依據(jù),，通過刑訊逼供迫使當(dāng)年這些曾在新疆獄中備受折磨而堅(jiān)貞不屈的同志承認(rèn)其是“叛徒”,，結(jié)果自然是枉費(fèi)心機(jī)，慘遭失敗,。在此情況下,，康生于1968年6月1日聽取了專案組的匯報(bào)，并斥責(zé)專案人員說:“我的初步印象是,，你們思想有些亂,，工作有些慢，力量有些散,。本來,，馬明方專案比較起來，是比較容易進(jìn)行的專案,，因?yàn)橛写罅康牟牧?，有很多敵偽人員都在……”實(shí)際上，康生對(duì)被列為審查對(duì)象的這些同志當(dāng)年在新疆監(jiān)獄斗爭(zhēng)的情況和出獄的經(jīng)過是清楚的:1946年7月11日,，當(dāng)這批人員無罪獲釋回到延安時(shí),，他曾親自去七里鋪歡迎；當(dāng)這批人經(jīng)過嚴(yán)格審查并進(jìn)行休整后,，他又參與了為其分配工作,。然而現(xiàn)在，他卻睜著眼睛說瞎話:“新疆案子有一個(gè)重要特點(diǎn):馬明方,、張子意,、方志純等這幫人捏成了一個(gè)組織力量,，有組織有計(jì)劃地向黨隱瞞，銷毀證據(jù),，掩蓋他們的叛徒面目，這是不要費(fèi)多大勁就能想到的,?！彼踔吝€無中生有地說:“這些人出來前，派人和張治中談判,，以要出材料作交換條件,。張治中是國民黨的代表，這些人不僅是集體隱瞞,，而且和張治中一道合伙欺騙我們黨,，投敵叛變。他們?cè)诒O(jiān)獄和國民黨合伙銷毀證據(jù),，然后和國民黨一塊兒潛伏到我們黨內(nèi),，集體向黨隱瞞?！?

在康生的這次講話后,，“四三”專案組進(jìn)行了整頓，并寫了書面檢討,，其黨支部副書記也被調(diào)離,，返回原單位。為了實(shí)現(xiàn)“九大前將叛徒,、特務(wù)清除出黨”的陰謀,，林彪、康生,、江青等迫不及待地要給馬明方等定性,、定案。8月11日,，康生在另一次講話中說:“馬明方專案,，能定:一、叛徒問題,，可定,；二、投降國民黨問題,，可定,；三、包庇特務(wù)很突出,，可定,；四、特嫌；五,、高崗反黨集團(tuán),。”于是,，當(dāng)年從新疆監(jiān)獄集體獲釋回到延安的這批同志便被定為“馬明方叛徒集團(tuán)”,。盡管如此，他們還是感到心虛,。為了搜羅,、補(bǔ)足“證據(jù)”，專案組于1969年3月又派人到新疆進(jìn)行了長達(dá)4個(gè)月的調(diào)查,。在有些地方,，他們甚至掘地三尺，翻挖一通,，卻依然是空忙了一場(chǎng),。即便如此，馬明方等還是被康生強(qiáng)行定了案,。