由于南開大學“八一八”群眾組織在康生等人主抓的所謂“六十一人叛徒集團”案中首立“戰(zhàn)功”，于是該大學的另一個名叫“衛(wèi)東”的群眾組織也奮起直追,。1967年5月的一天,，該群眾組織在抄家時發(fā)現(xiàn)一張包括李宗林在內(nèi)的解放前從新疆國民黨監(jiān)獄獲釋回來的130名中共人員及其家屬子女的合影照片,，繼之順藤摸瓜，通過調(diào)查檔案又發(fā)現(xiàn)一份當年在新疆被國民黨逮捕入獄的中共人員名單,，以及國家第三機械工業(yè)部和民航總局等單位向他們介紹的有關陳潭秋,、毛澤民等被捕、犧牲的零碎情況后,，便做出這樣一個“推理”:李宗林與陳潭秋,、毛澤民、林基路一起被捕,，惟陳,、毛、林被害,，而李宗林,、馬明方和張子意等卻被釋放，那么李,、馬,、張等就極有可能在獄中變節(jié)，出賣了陳,、毛,、林，而與李合影的那100多名中共黨員也就很可能都有叛變問題,。于是決定繼續(xù)調(diào)查,，深入“挖掘”，并得到時任中國人民解放軍空軍司令員的吳法憲的支持,，同時對此頗感“興趣”的林彪之妻葉群,，也派其弟葉鎮(zhèn)插手此案。

11月初,，隨著由吳法憲,、李作鵬和葉群等領導的中央專案組第二辦公室主管的中央“四三”專案組（意為新疆監(jiān)獄問題的要害是1943年的問題）的成立，所謂“新疆馬明方叛徒集團”被正式立案,，對外代號“五二六”,。經(jīng)過康生審定，在當年被無條件釋放返回延安的人員中,，現(xiàn)已在黨,、政、軍系統(tǒng)擔任高級領導職務并有代表性的馬明方,、張子意,、方志純、高登榜等20人被列為該專案組直接審查的對象，其余均由所在單位“立案審查”,。

對于“新疆馬明方叛徒集團案”,，雖然聯(lián)合調(diào)查組曾兩赴新疆，但由于得到的是“死材料”多,，“活材料”少,，而且無法證實他們所要“證明”的問題，因而當“四三”專案組剛成立不久,，中央二辦主管該案的吳法憲就指示專案組:“材料不少了,，現(xiàn)在要突擊審訊，要他們的口供,。有口供就可以定案……其他組都有戰(zhàn)果,，就是我這個司令管的這個組報不出戰(zhàn)果?！睘榇?，他責令專案組“把人分成三班倒，日夜審訊”,，“案犯不老實就銬起來”,，“對他們不存在什么車輪戰(zhàn)、逼供信”,。從此,，該專案組對所列“案犯”大搞刑訊逼供，使用了車輪戰(zhàn),、“坐飛機”等酷刑,，逼取其所需要的“口供”。與此同時,，專案組還對當年的敵特人員如原國民黨中統(tǒng)局特務鄭大倫和真正的大叛徒徐夢秋等進行了反復審訊,，通過逼供、誘供,、指供,，制造偽證。盡管如此,，專案組所掌握的材料仍不能證明這些同志有叛變行為,，相反倒能說明他們是獄中斗爭的真正英雄。但是,，林彪,、康生和江青等出于不可告人的目的，即為了打倒一大批老干部,，他們置那些言之鑿鑿的證據(jù)材料于不顧,，而企圖以鄭大倫、徐夢秋提供的假供為依據(jù),，通過刑訊逼供迫使當年這些曾在新疆獄中備受折磨而堅貞不屈的同志承認其是“叛徒”,，結(jié)果自然是枉費心機，慘遭失敗,。在此情況下,，康生于1968年6月1日聽取了專案組的匯報，并斥責專案人員說:“我的初步印象是,，你們思想有些亂,，工作有些慢，力量有些散,。本來,，馬明方專案比較起來，是比較容易進行的專案,，因為有大量的材料,，有很多敵偽人員都在……”實際上，康生對被列為審查對象的這些同志當年在新疆監(jiān)獄斗爭的情況和出獄的經(jīng)過是清楚的:1946年7月11日,，當這批人員無罪獲釋回到延安時,，他曾親自去七里鋪歡迎；當這批人經(jīng)過嚴格審查并進行休整后,，他又參與了為其分配工作,。然而現(xiàn)在，他卻睜著眼睛說瞎話:“新疆案子有一個重要特點:馬明方,、張子意,、方志純等這幫人捏成了一個組織力量，有組織有計劃地向黨隱瞞,，銷毀證據(jù),，掩蓋他們的叛徒面目，這是不要費多大勁就能想到的,?！彼踔吝€無中生有地說:“這些人出來前，派人和張治中談判,，以要出材料作交換條件,。張治中是國民黨的代表，這些人不僅是集體隱瞞,，而且和張治中一道合伙欺騙我們黨,，投敵叛變。他們在監(jiān)獄和國民黨合伙銷毀證據(jù),，然后和國民黨一塊兒潛伏到我們黨內(nèi),，集體向黨隱瞞,。”

在康生的這次講話后,，“四三”專案組進行了整頓,，并寫了書面檢討，其黨支部副書記也被調(diào)離,，返回原單位,。為了實現(xiàn)“九大前將叛徒、特務清除出黨”的陰謀,，林彪,、康生、江青等迫不及待地要給馬明方等定性,、定案,。8月11日，康生在另一次講話中說:“馬明方專案,，能定:一,、叛徒問題，可定,；二,、投降國民黨問題，可定,；三,、包庇特務很突出，可定,；四,、特嫌；五,、高崗反黨集團,。”于是,，當年從新疆監(jiān)獄集體獲釋回到延安的這批同志便被定為“馬明方叛徒集團”,。盡管如此，他們還是感到心虛,。為了搜羅,、補足“證據(jù)”，專案組于1969年3月又派人到新疆進行了長達4個月的調(diào)查,。在有些地方,，他們甚至掘地三尺，翻挖一通,，卻依然是空忙了一場,。即便如此,，馬明方等還是被康生強行定了案。