即使明成祖朱棣的子孫后代也認為建文帝的下落是個謎,。明神宗朱翊鈞就是一例。他即位伊始,，曾下詔為被殺的建文朝大臣建祠廟祭祀,，并頒布《苗裔恤錄》，對他們的后裔給予撫恤,。看來他對被明成祖趕下臺的建文帝頗有一點追懷敬仰之情,。萬歷二年十月十七日,，他在文華殿與內(nèi)閣大學士們談起建文帝的事，提出了一個思慮已久的問題:聽說建文帝逃亡,，不知真?zhèn)稳绾危吭俅翁岢隽嗣鞒牡谝惶枱o頭公案,。內(nèi)閣首輔張居正如實回答:我朝的國史沒有記載這件事,，聽前朝故老相傳,，說靖難之師進入南京城，建文帝化裝逃亡,。到了正統(tǒng)年間，有一個老和尚在云南驛站壁上題詩一首,，有“淪落江湖數(shù)十秋”之句。御史召見此人詢問,，老僧坐地不跪,，說:我想葉落歸根。查驗后才知道是建文帝,。張居正的這一說法,，記載在《明神宗實錄》，與祝允明《野記》所說大體相同,，可見在明中晚期,，關于建文帝的下落已經(jīng)不再忌諱，事實的真相逐漸明朗,。

看來,，明人野史關于建文帝逃亡生涯的記載，并非向壁虛構,。不妨將其始末簡單勾勒如下,。

建文四年六月，建文帝得知南京金川門失守,，長吁短嘆，想自殺以謝國人,。翰林院編修程濟說，不如出走流亡,。少監(jiān)王鉞跪在地上提醒皇上,，高皇帝升天之前,，留下一個寶匣，并且交代說,，如有大難,，可以打開,。眾人一起趕到奉先殿左側,，打開這個紅色寶匣，但見里面有度牒三張,，分別寫著“應文”,、“應能”,、“應賢”,，里面還有袈裟、僧帽,、僧鞋、剃刀,，以及銀元寶十錠,。第一張“應文”度牒寫著:“應文從鬼門出，其余人等從水關御溝而行,，薄暮時分在神樂觀的西房會合?！背虧⒓礊榛噬咸耆ヮ^發(fā),，換上袈裟、僧帽,、僧鞋。吳王教授楊應能表示愿意剃度,，隨帝流亡,；監(jiān)察御史葉希賢毅然說，臣名賢,，無疑就是“應賢”,，也剃度改裝隨從,。當時在殿上的五六十人痛哭流涕,，都表示要隨從流亡,。建文帝說,，這么多人一起行動,，勢必引起懷疑,，決定由九人陪他前往鬼門,，在神樂觀乘船至太平門,。少頃,，楊應能,、葉希賢等十三人趕來,。一行二十二人開始了流亡生涯,。建文帝交代,，今后互相以師弟稱呼,，不必拘泥君臣之禮。兵部侍郎廖平建議,，隨從不必多,，更不可多，挑選沒有家室之累又有膂力五人足夠,，其余遙為應援,。當場決定楊應能,、葉希賢稱為比丘,，程濟稱為道人,，這三人左右不離建文帝；其余六人往來道路,，運送衣食。第一站來到吳江縣的史彬家中,。八月十六日,，建文帝與兩位比丘,、一位道人同行，其余人等星散,。十月，來到襄陽的廖平家,。獲悉跟蹤者也已到此，大家商議后便決定前往云南,。

明成祖派遣戶科都給事中胡前往西南地區(qū),，打著探尋道教宗師張三豐(即張邋遢)的幌子，其實是為了偵查建文帝的下落,。消息傳來,，建文帝決定遁跡深山。

永樂八年三月,，工部尚書嚴震以出使安南(即今越南)的名義,，至云南秘密探訪建文帝的蹤跡。某一天,，嚴震偶然在云南道中遇到建文帝,，兩人相對而泣。建文帝問他:你準備怎么處置我,？嚴震回答:皇上請便,，臣自有辦法。夜間,，嚴震自縊于驛站,。建文帝見蹤跡暴露，再次躲進白龍山,。

長期的野外生活,，使得他身心疲憊，顏色憔悴,，面容枯槁,。到了夏天，又患上痢疾,，但因害怕被發(fā)現(xiàn),，不敢出山覓食、求醫(yī)，狼狽到了極點,。這時史彬等三人趕來,，境況頓時改善。幾天后,，三人離別,，抱頭痛哭一場。建文帝交代,，今后不必再來,，一則道路艱險，二則關津盤查嚴密,。

永樂十年三四月間,，一直隨從建文帝的楊應能、葉希賢相繼病逝,，建文帝收了一名弟子,，賜名“應慧”。永樂十四年六月,，建文帝足疾發(fā)作,，程濟進城覓藥，才得痊愈,。這使建文帝感到危機時時迫近,，便口述流亡的經(jīng)過，由程濟筆錄,，寫成《從亡傳》,，建文帝親筆寫了序言，命程濟藏于山巖中,。此后幾年,，建文帝奔走于云南、貴州,、四川之間,。永樂十八年十月，在程濟的陪同下,，建文帝登上了峨嵋山,，賦詩一首，其中兩句為:“登高不待東翹首,，但見云從故國飛,。”流露了他此時此地思念故國的復雜心情,。

永樂二十二年二月,，建文帝東行,。十月，在旅店遇到史彬,。史彬關切地問起道路起居,，建文帝說:近來強飯，精爽倍常,。于是同史彬下江南，回到吳江史彬家中,。這時史彬的從叔祖史弘從嘉興趕來,，在客堂見到老和尚，問史彬:大師從何而來,？史彬不答,。史弘把史彬拉出，說:此建文皇帝也,。史彬矢口否認,，史弘說我曾在東宮見到過，是我的救命恩人,。史彬只得如實相告,。史弘頓首后，哭泣著詢問近況,。建文帝說:賴各位從亡者給我衣食,，得以周旋于險阻之間。二十年來,，戰(zhàn)戰(zhàn)兢兢,，今日想來，可以終老了吧,！隨后在史弘的陪同下,，游覽天臺山，到寧波渡蓮花洋,。