正當清軍集中兵力會攻襄陽白巾軍時,，四川達縣徐天德率眾數(shù)千人,，于九月十五日起義于亭子鋪；東鄉(xiāng)(今宣漢)冷天祿,、王三槐起義于蓮池溝,，巴州(今巴中)羅其清,、通江冉文儔等先后響應,，共有義軍十余支,，各有眾數(shù)千，“概以白巾裹首”,，分別占據(jù)山區(qū)險要,，筑壘防守。署四川總督英善及成都將軍勒禮善率兵進擊東鄉(xiāng),，在娘娘廟老營灣兩次受挫被殲數(shù)千，此時白巾軍已遍布川東,、川北,。清軍兵力既少，兩次被殲后士氣又極低,。但白巾軍既未能相互聯(lián)合,，又未能擴張戰(zhàn)果，仍分散守寨,，各自為戰(zhàn),。四川形勢未有更大發(fā)展。

襄陽白巾軍先在陳家河(襄陽北)以伏擊戰(zhàn)擊敗追擊清軍,，后又擊敗河南巡撫景安所率4000人清軍于魏家集(今鄧縣南),，迫其退守南陽。嘉慶帝將永保治罪,，改令惠齡統(tǒng)一指揮各軍,。二年正月，湖南苗疆暫時平定,，鎮(zhèn)壓苗民起義之清軍萬余人,，轉用于進攻白巾軍,，徐天德、王三槐部在金峨寺,、香爐坪一帶,，遭清軍重兵圍攻，損失嚴重,，僅余2000余人,。襄陽白巾軍在清軍圍攻下，亦損失甚重,；遂改據(jù)守寨壘及硬拚戰(zhàn)法為流動游擊戰(zhàn)法,，分三路經河南、陜西向四川作戰(zhàn)略性轉移,。沿途“不迎戰(zhàn),，不走平原，唯數(shù)百為群,，忽分忽合,，忽南忽北”，伺機以伏擊,、突襲等戰(zhàn)術,，痛擊追擊清軍。途經秦嶺,，大批流民加入,，隊伍日益壯大，經四月轉戰(zhàn),，六月二十三日到達東鄉(xiāng),，與四川白巾軍徐、王部會師,。

嘉慶帝切責各統(tǒng)兵大臣,，再次更換統(tǒng)帥，命陜西總督宜綿取代惠齡統(tǒng)一指揮各軍,。七月間,，清軍集中于川東、川北,，對白巾軍形成包圍態(tài)勢,。當?shù)厝丝谙∩伲x軍數(shù)萬人食糧難以籌集,。襄陽白巾軍留一部兵力由李全率領,，協(xié)同四川白巾軍作戰(zhàn)，主力分兩個梯隊重返湖北,。姚之富,、王聰兒部為一梯隊,，由奉節(jié)出川，在白帝城與阻擊清軍激戰(zhàn)3晝夜,，進入巴東,、歸州(今秭歸)地區(qū)，乘虛攻下興山,，經?？怠⒛险南蛳尻柷斑M,；高均德等部為二梯隊,，出川后經當陽、遠安向荊州(今江陵)前進,。清軍急調重兵加強荊,、襄防務。襄陽白巾軍突然回師房縣,、竹山,。八月，在鄖西大敗明亮部,，殺護軍統(tǒng)領惠倫及豐伸布,。爾后北進陜西。九月,，李全部亦至安康,。

襄陽白巾軍回師荊襄，調動清軍主力集中于湖北,，四川白巾軍壓力遂減輕,。大批群眾加入四川義軍，攻占巴州,、達州地區(qū)許多城鎮(zhèn)，聲勢復振,。十一月,，襄陽白巾軍翻越大巴山，再度進入川北,。俟清軍集中至通江,、太平一帶時，再返陜西,。清軍堵,、追均無成效，陷于被動,。嘉慶帝第三次易帥,，命湖廣總督勒保統(tǒng)一指揮各軍,。三年二月，襄陽白巾軍姚之富部進攻郡縣(今眉縣)不克,，李全部經盞厔(今周至)進逼西安,，在焦家鎮(zhèn)與總兵王文雄部激戰(zhàn)失利。兩部遂分路向湖北轉進,。三月,，姚之富部在山陽之石河鋪、寬坪等處連遭挫折,，至三岔河(今陜西鎮(zhèn)安東南與鄖西交界處)被清軍及鄉(xiāng)勇包圍,。激戰(zhàn)終日，轉戰(zhàn)至鄖西之卻花坡,，矢盡援絕,，突圍未成，全軍覆沒,，姚之富,、王聰兒跳崖自殺。

李全,、高均德兩部在兩河關(今旬陽西北),、茅坪(今洋縣北)等地亦屢次失利，遂西進鳳縣,，經略陽,、寧羌(今寧強)入川，五月至儀隴,，與羅其清,、冉文儔部會合。白巾軍全部入川,，清廷集中5萬兵力,，三路進擊。在川白巾軍,，仍多依險筑壘,，固守硬拚，遭很大損失,。羅其清,、冉文儔先后被殺，王三槐被誘俘,，僅冷天祿等數(shù)部,，轉移至梁山、忠州及川東地區(qū)。四年初,，嘉慶帝親政,，總結三年戰(zhàn)爭教訓，在政治,、軍事上進行調整：撤換作戰(zhàn)不力的惠齡,、宜綿、景安,、秦承恩等領兵大臣,；任勒保為經略大臣，統(tǒng)一指揮川,、陜,、楚、豫,、甘五省軍隊,；大力推行鄉(xiāng)勇、團練,，保甲制度,，筑堡團守，堅壁清野,，同時采用“剿撫并用”方針,，宣傳“若能悔罪投誠”，“不咎既往”,。白巾軍亦接受三年戰(zhàn)爭教訓,，放棄固守寨壘戰(zhàn)術，改用分散出擊與流動作戰(zhàn)相結合的戰(zhàn)術,，開始分路向川西,、甘南及陜、楚作大范圍的往返流動,，以便于保存自己,、籌集軍糧、擴充人員,、爭取主動及伺機殲敵,。

白巾軍的多路流動作戰(zhàn)，在一定程度上取得了主動,，部隊日益壯大，清統(tǒng)兵大臣福寧上奏：“賊以脅從而日增……新起之賊實多于剿除之數(shù)”,；清軍疲于奔命,，大量減員。清領兵大臣明亮上奏：“臣自去秋至今，日夜追賊,，往返五省,，所領兵3000……僅存干余”。嘉慶帝于七月再次更換統(tǒng)帥,，將上任僅半年之勒?！按栔巫铩保嗽赂娜晤~勒登保為經略大臣,。額勒登保任經略后,，采取“驅各路之賊逼歸川北”，然后“聚而殲旃”的作戰(zhàn)方針,，同時大力推行團練,、寨堡及堅壁清野政策。

九十月間,，張漢朝戰(zhàn)死,、高均德被俘，徐天德部略有斬獲,，唯冉文儔之侄冉天元一年來多次擊敗清軍,，部隊又發(fā)展至萬余人，活動于大竹地區(qū),。十二月間,，川北各部白巾軍北進陜南，一部由略陽強渡嘉陵江進入甘肅秦州,、鞏昌地區(qū),。清軍主力尾隨白巾軍進入甘陜，冉天元乘虛趨定遠,，于五年正月十五元宵節(jié)搶渡嘉陵江進入川西,，進攻蓬溪縣城。四川總督魁倫命總兵朱射斗,，率兵3000人馳援,，冉天元圍城打援，于十九日在老虎巖以伏擊戰(zhàn)全殲清軍,，殺朱射斗,。部隊迅速發(fā)展為5萬余人，聲勢大振,。德楞泰急從廣元,、昭化南下增援。冉天元再以后退誘敵,、設伏聚殲戰(zhàn)術,，在江油包圍了清軍溫春、賽沖阿兩部，予以殲滅性打擊,。三月,，該部在馬蹄崗與清軍激戰(zhàn)三晝夜，德楞泰僅余親兵數(shù)十人,，行將就殲,，都司羅思舉突率鄉(xiāng)勇來援，冉天元被俘,，清軍反敗為勝,。冉部萬·余，由張子聰?shù)嚷暑I,，南下太和鎮(zhèn)(今射洪),，渡過潼河，進入川西富庶地區(qū),。成都戒嚴,。嘉慶帝逮魁倫入京，令其自殺,，重任勒保為四川總督,。