正當(dāng)清軍集中兵力會(huì)攻襄陽白巾軍時(shí),，四川達(dá)縣徐天德率眾數(shù)千人,，于九月十五日起義于亭子鋪；東鄉(xiāng)(今宣漢)冷天祿,、王三槐起義于蓮池溝,，巴州(今巴中)羅其清、通江冉文儔等先后響應(yīng),，共有義軍十余支,，各有眾數(shù)千，“概以白巾裹首”,，分別占據(jù)山區(qū)險(xiǎn)要,，筑壘防守。署四川總督英善及成都將軍勒禮善率兵進(jìn)擊東鄉(xiāng),，在娘娘廟老營灣兩次受挫被殲數(shù)千,，此時(shí)白巾軍已遍布川東、川北,。清軍兵力既少,，兩次被殲后士氣又極低。但白巾軍既未能相互聯(lián)合,，又未能擴(kuò)張戰(zhàn)果,，仍分散守寨，各自為戰(zhàn),。四川形勢(shì)未有更大發(fā)展,。

襄陽白巾軍先在陳家河(襄陽北)以伏擊戰(zhàn)擊敗追擊清軍，后又擊敗河南巡撫景安所率4000人清軍于魏家集(今鄧縣南),，迫其退守南陽,。嘉慶帝將永保治罪，改令惠齡統(tǒng)一指揮各軍,。二年正月,，湖南苗疆暫時(shí)平定，鎮(zhèn)壓苗民起義之清軍萬余人,，轉(zhuǎn)用于進(jìn)攻白巾軍,，徐天德、王三槐部在金峨寺,、香爐坪一帶，遭清軍重兵圍攻,，損失嚴(yán)重,，僅余2000余人,。襄陽白巾軍在清軍圍攻下，亦損失甚重,；遂改據(jù)守寨壘及硬拚戰(zhàn)法為流動(dòng)游擊戰(zhàn)法,，分三路經(jīng)河南、陜西向四川作戰(zhàn)略性轉(zhuǎn)移,。沿途“不迎戰(zhàn),，不走平原，唯數(shù)百為群,，忽分忽合,，忽南忽北”，伺機(jī)以伏擊,、突襲等戰(zhàn)術(shù),，痛擊追擊清軍。途經(jīng)秦嶺,，大批流民加入,，隊(duì)伍日益壯大，經(jīng)四月轉(zhuǎn)戰(zhàn),，六月二十三日到達(dá)東鄉(xiāng),，與四川白巾軍徐、王部會(huì)師,。

嘉慶帝切責(zé)各統(tǒng)兵大臣,，再次更換統(tǒng)帥，命陜西總督宜綿取代惠齡統(tǒng)一指揮各軍,。七月間,，清軍集中于川東、川北,，對(duì)白巾軍形成包圍態(tài)勢(shì),。當(dāng)?shù)厝丝谙∩伲x軍數(shù)萬人食糧難以籌集,。襄陽白巾軍留一部兵力由李全率領(lǐng),，協(xié)同四川白巾軍作戰(zhàn)，主力分兩個(gè)梯隊(duì)重返湖北,。姚之富,、王聰兒部為一梯隊(duì)，由奉節(jié)出川,，在白帝城與阻擊清軍激戰(zhàn)3晝夜,，進(jìn)入巴東、歸州(今秭歸)地區(qū)，乘虛攻下興山,，經(jīng)?？怠⒛险南蛳尻柷斑M(jìn),；高均德等部為二梯隊(duì),，出川后經(jīng)當(dāng)陽、遠(yuǎn)安向荊州(今江陵)前進(jìn),。清軍急調(diào)重兵加強(qiáng)荊,、襄防務(wù)。襄陽白巾軍突然回師房縣,、竹山,。八月，在鄖西大敗明亮部,，殺護(hù)軍統(tǒng)領(lǐng)惠倫及豐伸布,。爾后北進(jìn)陜西。九月,，李全部亦至安康,。

襄陽白巾軍回師荊襄，調(diào)動(dòng)清軍主力集中于湖北,，四川白巾軍壓力遂減輕,。大批群眾加入四川義軍，攻占巴州,、達(dá)州地區(qū)許多城鎮(zhèn),，聲勢(shì)復(fù)振。十一月,，襄陽白巾軍翻越大巴山,，再度進(jìn)入川北。俟清軍集中至通江,、太平一帶時(shí),，再返陜西。清軍堵,、追均無成效,，陷于被動(dòng)。嘉慶帝第三次易帥,，命湖廣總督勒保統(tǒng)一指揮各軍,。三年二月，襄陽白巾軍姚之富部進(jìn)攻郡縣(今眉縣)不克,，李全部經(jīng)盞厔(今周至)進(jìn)逼西安,，在焦家鎮(zhèn)與總兵王文雄部激戰(zhàn)失利。兩部遂分路向湖北轉(zhuǎn)進(jìn)。三月,，姚之富部在山陽之石河鋪,、寬坪等處連遭挫折，至三岔河(今陜西鎮(zhèn)安東南與鄖西交界處)被清軍及鄉(xiāng)勇包圍,。激戰(zhàn)終日，轉(zhuǎn)戰(zhàn)至鄖西之卻花坡,，矢盡援絕,，突圍未成，全軍覆沒,，姚之富,、王聰兒跳崖自殺。

李全,、高均德兩部在兩河關(guān)(今旬陽西北),、茅坪(今洋縣北)等地亦屢次失利，遂西進(jìn)鳳縣,，經(jīng)略陽,、寧羌(今寧強(qiáng))入川，五月至儀隴,，與羅其清,、冉文儔部會(huì)合。白巾軍全部入川,，清廷集中5萬兵力,，三路進(jìn)擊。在川白巾軍,，仍多依險(xiǎn)筑壘,，固守硬拚，遭很大損失,。羅其清,、冉文儔先后被殺，王三槐被誘俘,，僅冷天祿等數(shù)部,，轉(zhuǎn)移至梁山、忠州及川東地區(qū),。四年初,，嘉慶帝親政，總結(jié)三年戰(zhàn)爭(zhēng)教訓(xùn),，在政治,、軍事上進(jìn)行調(diào)整：撤換作戰(zhàn)不力的惠齡、宜綿、景安,、秦承恩等領(lǐng)兵大臣,；任勒保為經(jīng)略大臣，統(tǒng)一指揮川,、陜,、楚、豫,、甘五省軍隊(duì),；大力推行鄉(xiāng)勇、團(tuán)練,，保甲制度,，筑堡團(tuán)守，堅(jiān)壁清野,，同時(shí)采用“剿撫并用”方針,，宣傳“若能悔罪投誠”，“不咎既往”,。白巾軍亦接受三年戰(zhàn)爭(zhēng)教訓(xùn),，放棄固守寨壘戰(zhàn)術(shù)，改用分散出擊與流動(dòng)作戰(zhàn)相結(jié)合的戰(zhàn)術(shù),，開始分路向川西,、甘南及陜、楚作大范圍的往返流動(dòng),，以便于保存自己,、籌集軍糧、擴(kuò)充人員,、爭(zhēng)取主動(dòng)及伺機(jī)殲敵,。

白巾軍的多路流動(dòng)作戰(zhàn)，在一定程度上取得了主動(dòng),，部隊(duì)日益壯大,，清統(tǒng)兵大臣福寧上奏：“賊以脅從而日增……新起之賊實(shí)多于剿除之?dāng)?shù)”；清軍疲于奔命,，大量減員,。清領(lǐng)兵大臣明亮上奏：“臣自去秋至今，日夜追賊,，往返五省,，所領(lǐng)兵3000……僅存干余”。嘉慶帝于七月再次更換統(tǒng)帥,，將上任僅半年之勒?！按栔巫铩?，八月改任額勒登保為經(jīng)略大臣。額勒登保任經(jīng)略后,，采取“驅(qū)各路之賊逼歸川北”,，然后“聚而殲旃”的作戰(zhàn)方針，同時(shí)大力推行團(tuán)練,、寨堡及堅(jiān)壁清野政策,。

九十月間，張漢朝戰(zhàn)死,、高均德被俘,，徐天德部略有斬獲，唯冉文儔之侄冉天元一年來多次擊敗清軍,，部隊(duì)又發(fā)展至萬余人，活動(dòng)于大竹地區(qū),。十二月間,，川北各部白巾軍北進(jìn)陜南，一部由略陽強(qiáng)渡嘉陵江進(jìn)入甘肅秦州,、鞏昌地區(qū),。清軍主力尾隨白巾軍進(jìn)入甘陜，冉天元乘虛趨定遠(yuǎn),，于五年正月十五元宵節(jié)搶渡嘉陵江進(jìn)入川西,，進(jìn)攻蓬溪縣城。四川總督魁倫命總兵朱射斗,，率兵3000人馳援,，冉天元圍城打援，于十九日在老虎巖以伏擊戰(zhàn)全殲清軍,，殺朱射斗,。部隊(duì)迅速發(fā)展為5萬余人，聲勢(shì)大振,。德楞泰急從廣元,、昭化南下增援。冉天元再以后退誘敵,、設(shè)伏聚殲戰(zhàn)術(shù),，在江油包圍了清軍溫春、賽沖阿兩部,，予以殲滅性打擊,。三月，該部在馬蹄崗與清軍激戰(zhàn)三晝夜,，德楞泰僅余親兵數(shù)十人,，行將就殲,，都司羅思舉突率鄉(xiāng)勇來援，冉天元被俘,，清軍反敗為勝,。冉部萬·余，由張子聰?shù)嚷暑I(lǐng),，南下太和鎮(zhèn)(今射洪),，渡過潼河，進(jìn)入川西富庶地區(qū),。成都戒嚴(yán),。嘉慶帝逮魁倫入京，令其自殺,，重任勒保為四川總督,。