同年11月,，孔祥熙免兼財政部長，由俞鴻鈞接任,，但是,，他的行政院副院長一職則仍然未變。22日,，傅斯年致函蔣介石稱：“昨讀報紙,，知政府局部改組”，“聞此消息,，如聞打一大勝仗,，兩夜為之不眠，友朋中有為之泣涕者”,。但是,，傅斯年也指出：“以目下最低之需要論，似尚有一著,，留而未下,。若下，則此次改革之效至為彰明,；不下,，恐此次改革之分量減少甚多矣?！备邓鼓昝鞔_表示：此著,，就是孔祥熙還當著副院長。函中,，他竭力說明,，當時整理財政的急務是：整理稅收、懲治貪污,、增加效能,、更易首長,、清理大事件，孔祥熙副院長一職不變,，俞鴻鈞有職無權,，將無法工作。

1944年末,，傅斯年致函蔣介石,，于外交、內政多所建議,，在內政部分,，傅斯年再次提出高級官員經(jīng)營商業(yè)，利用政治力量為自己謀利等嚴重問題,，認為其危害遠過于直接性的貪污,。他把這種情況，稱之為“失官箴”,。函件說：

欲矯下層之弊,，仍必先澄上層之源。上層之弊,，未可直言其貪污,，然失官箴之處，則甚矣! 以影響論,，直接性之貪污,，為害固遠不逮間接性之失官箴。
傅斯年舉例說：孔氏家族開辦的“祥記公司”的招牌已高掛重慶林森路多年,。又如中國農民銀行掛牌出售黃金,，一般人買不到，而孔氏家族經(jīng)營的裕華銀行卻得以大量購進,，高價售出,，“此一波折，國家失去不少黃金,，裕華得數(shù)萬萬元之凈益”,。傅斯年由此不點名地批評孔祥熙包庇下屬，竭力掩護,。他說：“往事不待論，今財政部正有若干重大地方機關舞弊事件,，一本其‘大事化小,，小事化無’之原則處理之?！?

函中,，傅斯年要求“裁并一切駢枝機關”,，特別強烈要求“徹底禁止官吏及其家屬兼營商業(yè)”。函末,，傅斯年提出：人事改革為事業(yè)改革之本,，要求蔣介石抓緊時機，“以人事之改革一新中外之耳目,，而以事務之徹革隨之”,。

這回，傅斯年等人的意見起作用了,。1945年5月,，蔣介石決定另覓行政院正副院長人選。 5月31日,，國民黨六屆一中全會根據(jù)蔣介石提議,，選舉宋子文、翁文灝為行政院正副院長,。

窮打猛追,，揭發(fā)貪污大案

孔祥熙丟掉行政院副院長一職，猶如冰山崩塌,。1945年7月,，傅斯年出席國民參政會四屆一次大會，進一步提出國庫局貪污案,，導致孔祥熙最后失勢,。

1943年，財政部將“1942年同盟勝利美金公債”交中央銀行國庫局分發(fā)各地銀行發(fā)行,，總額美金1億元,，折合國幣20億元。1943年10月15日,，財政部函知國庫局停售該項債票,，所有未售出的債票約5千萬元，悉數(shù)由中央銀行業(yè)務局購進,，但國庫局局長呂咸及熊國清等人卻在孔祥熙的支持下,，利用職權，以低價套購,，謀取暴利,。據(jù)估計，貪污數(shù)達國幣26億4千7百余萬元,。1944年春,，國庫局的幾個青年人多次向重慶國民政府某機關密告，某機關雖然派人調查,，卻查而不辦,。在此情況下,，他們便向參政員求助。

在參政會上,，傅斯年就此案作了口頭質詢,，另一參政員陳賡雅即以準備好的一份提案相示，其中數(shù)目,、證據(jù)具在,，要求大會討論，送請政府嚴辦,。傅斯年遂立即簽名,，領銜提出。