到3月中旬,，雙方在鐵路管理的基本原則方面仍然存在較大差距。軍管與鐵路行政合而為一是戰(zhàn)時(shí)提高鐵路運(yùn)輸效率的有效辦法,，而鐵路軍管局則是中朝聯(lián)合實(shí)行軍管的具體組織形式,。對(duì)此，朝方不便直接提出反對(duì),，而是自行成立了軍事交通局,，對(duì)鐵路進(jìn)行控制，還恢復(fù)了原管理局機(jī)構(gòu)管界和部分工作（交通省21號(hào)令）,，實(shí)際上削弱和限制了軍管局,，使其無(wú)法完全行使職權(quán)。為了盡快達(dá)成協(xié)議,，周恩來(lái)做了妥協(xié),，除堅(jiān)持“在聯(lián)司指揮下設(shè)雙方統(tǒng)一的軍管司令部，統(tǒng)一進(jìn)行搶修護(hù)路及調(diào)度車運(yùn)”外,，同意“在目前作戰(zhàn)時(shí)期,，朝鮮鐵路行政仍需朝鮮交通相管轄”。對(duì)于中方的這個(gè)讓步,，金日成表示基本同意,。然而,，在中方代表與朝鮮交通相樸義完逐項(xiàng)談判時(shí)，朝方又提出了進(jìn)一步要求:除鐵路行政系統(tǒng)仍歸交通省領(lǐng)導(dǎo)外,，一,、軍管局僅負(fù)責(zé)制定計(jì)劃，其作用只是對(duì)鐵路運(yùn)輸進(jìn)行檢查和監(jiān)督,；二,、鐵路搶修工作另成立聯(lián)合機(jī)構(gòu)，委托交通省領(lǐng)導(dǎo),。這實(shí)際上等于取消了已經(jīng)建立的中朝聯(lián)合軍管機(jī)構(gòu),。鑒于朝方在談判中反復(fù)不定，雙方基本想法差距太大,，中方代表深感問題復(fù)雜,，關(guān)系重大，即使形成紙上協(xié)議,，也難以改變實(shí)際狀況,，以至要求再派“有威望的得力干部來(lái)此慢慢談判”。彭德懷亦無(wú)可奈何,，提出將交通省的意見呈金日成,，由雙方政府出面解決，只求朝方能“確保軍運(yùn)如數(shù)完成,，確定鐵路管理和運(yùn)輸?shù)木唧w辦法”,。

隨后，針對(duì)朝方的三項(xiàng)原則,，即鐵路行政隸屬朝交通?。怀闪⒅姓钡穆?lián)合軍運(yùn)司令部,；成立中正朝副的統(tǒng)一鐵道兵團(tuán)司令部（即中方所說(shuō)搶修司令部），高崗提出五點(diǎn)商榷意見:一,、堅(jiān)持對(duì)朝鮮鐵路的軍管制度,，但可實(shí)行軍事代表制，在聯(lián)運(yùn)司下設(shè)各級(jí)軍事代表,，中正朝副,，軍事代表對(duì)一切軍運(yùn)有最后決定權(quán)。二,、聯(lián)運(yùn)司設(shè)沈陽(yáng),，派總代表駐朝交通省，監(jiān)督軍運(yùn)計(jì)劃執(zhí)行,。三,、要求朝方保證聯(lián)運(yùn)司與其總代表及各級(jí)軍事代表間電話暢通,。四、成立統(tǒng)一搶修司令部,，受聯(lián)運(yùn)司領(lǐng)導(dǎo),，同時(shí)受朝交通相及聯(lián)運(yùn)司指導(dǎo)。五,、在朝中國(guó)員工受朝鐵路局領(lǐng)導(dǎo),，其政治工作則受中國(guó)軍事代表直接領(lǐng)導(dǎo)。葉,、張,、彭?yè)?jù)此與朝交通相再次談判。除對(duì)搶修司令部領(lǐng)導(dǎo)權(quán)的歸屬問題尚未明確表態(tài)外,，朝方基本接受了高崗的五點(diǎn)意見,，但要求確定朝交通省對(duì)其所屬各鐵路管理局行使管轄權(quán)。關(guān)于運(yùn)輸問題,，朝方同意原則上全部通車,，由聯(lián)運(yùn)司審核批準(zhǔn)軍用物資和國(guó)民經(jīng)濟(jì)所需物資的運(yùn)輸比例。至于交通省及其所屬各管理局,，朝方請(qǐng)中國(guó)派人任副職,。雙方商定，將談判記錄整理簽字后,，呈報(bào)各自政府批準(zhǔn),。得此情況后，周恩來(lái)一方面要求中方代表最好爭(zhēng)取能在記錄中列入有關(guān)聯(lián)合搶修司令部領(lǐng)導(dǎo)權(quán)的內(nèi)容,，一方面也只得同意葉,、張、彭在記錄上簽字,，并將全文帶回北京,。 恰在此時(shí)，莫斯科的意見到來(lái),，扭轉(zhuǎn)了局面,。

據(jù)當(dāng)事人張明遠(yuǎn)觀察，中朝會(huì)談之所以爭(zhēng)執(zhí)不下,，其實(shí)質(zhì)是聯(lián)運(yùn)司領(lǐng)導(dǎo)權(quán)的歸誰(shuí)所有的問題,。中方代表認(rèn)為，當(dāng)時(shí)朝鮮的鐵路和機(jī)車大部被毀,，鐵路運(yùn)行的車輛主要是中國(guó)開來(lái)的,，而搶修線路、運(yùn)送物資的部隊(duì)和司乘人員都以中方為主，甚至維修線路的器材和部分朝鮮鐵路員工的供應(yīng)也都是由中方負(fù)責(zé),。從這些實(shí)際情況看,，朝鮮方面難以協(xié)調(diào)指揮鐵路運(yùn)輸?shù)恼＿\(yùn)行。所以,，戰(zhàn)爭(zhēng)期間的中朝鐵路聯(lián)運(yùn)應(yīng)由中方牽頭,。但朝方以及蘇聯(lián)駐朝鮮顧問堅(jiān)持認(rèn)為，對(duì)鐵路運(yùn)輸?shù)墓芾砩婕皣?guó)家主權(quán)問題,，必須由朝鮮領(lǐng)導(dǎo),。對(duì)此，周恩來(lái)曾指出,，問題的根子不在平壤,，而在莫斯科，并表示要同蘇方協(xié)商,，以求妥善解決,。

就在周恩來(lái)電告中方代表準(zhǔn)備在談判記錄上簽字的當(dāng)天，斯大林來(lái)電表示了蘇聯(lián)的立場(chǎng),，全文如下:“我駐沈陽(yáng)領(lǐng)事列多夫斯基剛剛向我們報(bào)告了高崗?fù)镜囊庖?，即為正確組織部隊(duì)和作戰(zhàn)物資向前線的運(yùn)輸工作，朝鮮鐵路必須交由在朝鮮的中國(guó)司令部管理,。從領(lǐng)事的報(bào)告中可以看出,，金首相是支持這個(gè)意見的，但朝鮮的部長(zhǎng)們卻似乎反對(duì)這個(gè)意見,，他們認(rèn)為這個(gè)辦法將損害朝鮮的主權(quán),。假如需要我的意見和聯(lián)共（布）中央的意見的話，那么我們認(rèn)為必須告知您,，我們完全支持高崗?fù)镜囊庖?。為了順利地進(jìn)行解放戰(zhàn)爭(zhēng)，這個(gè)辦法是必須采取的,?？偟膩?lái)說(shuō)我們認(rèn)為，為朝鮮本身的利益著想,，中國(guó)和朝鮮之間最好能建立起更密切的國(guó)家關(guān)系,。” 周恩來(lái)當(dāng)即將這一電文轉(zhuǎn)給高崗和彭德懷,，并表示可以繼續(xù)“力爭(zhēng)聯(lián)合鐵路修復(fù)司令部歸聯(lián)司或運(yùn)司指揮或仍進(jìn)一步提議將朝鮮鐵路管理局置于軍事管制的直接管理之下”，中方代表亦可暫緩簽字,，而由政府出面邀請(qǐng)朝交通相到沈陽(yáng)再談,。

在此后的談判中，中方的態(tài)度開始強(qiáng)硬起來(lái)。4月16日,，周恩來(lái)致電倪志亮即轉(zhuǎn)金日成:“提議為適應(yīng)戰(zhàn)爭(zhēng)需要,，朝鮮鐵路必須立即置于統(tǒng)一的軍事管制之下”，“即在聯(lián)司領(lǐng)導(dǎo)下,，設(shè)立中朝聯(lián)合的軍運(yùn)司令部,，統(tǒng)一朝鮮鐵路的管理、運(yùn)輸,、修復(fù)與保護(hù)事宜”,。 5月4日，中朝兩國(guó)政府在北京簽訂《關(guān)于朝鮮鐵路戰(zhàn)時(shí)軍事管制的協(xié)議》,，對(duì)管理體制,、組織機(jī)構(gòu)、運(yùn)力分配等重大問題做出了明確規(guī)定,。根據(jù)協(xié)議精神,，7月在安州正式成立了朝鮮鐵道軍事管理總局，劉居英為局長(zhǎng)兼政治委員,，金黃一(朝方),、黃鐸為副局長(zhǎng)，統(tǒng)一負(fù)責(zé)朝鮮戰(zhàn)區(qū)鐵路運(yùn)輸?shù)墓芾?、組織與實(shí)施,。軍管總局下設(shè)熙川、定州,、新成川,、平壤、高原5個(gè)分局,，共有援朝員工1.2萬(wàn)余人,。8月1日，在沈陽(yáng)成立了中朝聯(lián)合鐵道運(yùn)輸司令部(聯(lián)運(yùn)司),，受中朝聯(lián)合司令部直接領(lǐng)導(dǎo),，東北軍區(qū)副司令員賀晉年兼司令員，張明遠(yuǎn)兼政治委員,，南學(xué)龍（朝鮮鐵道副相）,、劉居英、李壽軒,、葉林為副司令員,，同年11月又在安州成立了聯(lián)運(yùn)司的前方派出機(jī)構(gòu)——前方鐵道運(yùn)輸司令部，劉居英任司令員兼政治委員,，金黃一,、李壽軒為副司令員，負(fù)責(zé)指揮和協(xié)調(diào)軍管總局、搶修指揮部和鐵道高炮指揮部的工作,。鐵道兵團(tuán)增加為4 個(gè)師又3個(gè)團(tuán),，還有援朝工程總隊(duì)，總?cè)藬?shù)達(dá)5.2萬(wàn)余人,。從此,，在統(tǒng)一的領(lǐng)導(dǎo)和組織下，鐵道運(yùn)輸部隊(duì),、搶修部隊(duì)及高炮部隊(duì)密切配合,，協(xié)同行動(dòng)，采取“以集中對(duì)集中,，以機(jī)動(dòng)對(duì)機(jī)動(dòng)”的作戰(zhàn)方針,，大大提高了鐵路運(yùn)輸效率。